Der See ist 8 km lang und 2 km breit bei einer maximalen Tiefe von 75 m. Der Vandasee ist ein hypersaliner See mit einem Salzgehalt von ca. 12 Gewichtsprozenten und ist meromiktisch: Die tieferen Schichten des Sees vermischen sich nicht mit den oberen Schichten. Er ist nur einer der vielen salinen Seen in den eisfreien Tälern des Transantarktischen Gebirges. Der größte Fluss der Antarktis, der Onyx River, fließt in westlicher Richtung (landeinwärts) in den Vandasee. An der Mündung des Flusses befindet sich eine meteorologische Station. Im Onyx oder im Vandasee leben keine Fische, sondern nur Mikroorganismen.